Exibir código-fonte para Polimerase

= Código =
<br><syntaxhighlight lang="python3">
from datetime import datetime
import os
now = datetime.now()
print("-"*80)
print("\t\t\t\tProjeto POLIMERASE\t\t\t\t\t\t\t")
print("Data:",now.day,"/",now.month,"/",now.year,"\t\t\t\t\t","Hora:",now.hour,":",now.minute)
print("-"*80)
print (50 * '-')
print ("     M E N U - P R I N C I P A L    ")
print (50 * '-')
print ("1. Inserir código genético manualmente")
print ("2. Análise de DNA em arquivo")
print ("3. Limpar um arquivo")
print ("4. Deletar um arquivo")
print ("5. Créditos")
print ("0. Encerrar o Programa")
print (50* '-')
choice = input('Escolha uma opção: ')
choice = int(choice)
while choice != 0:
    if choice == 1:
        PESQ=input("Pesquisador:")
        ORG=input("Organismo:")
        GEN=input("Gene:")
        DNA= input("Código genético:")
        dna=DNA
        rna=""
        checker = True
        for x in range(len(dna)):
            if DNA[x] != 'A' and DNA [x] != 'T' and DNA[x] != 'C' and DNA[x] != 'G':
                print("Código genético inválido!")
                checker = False
        if checker == True:
            for x in range(len(dna)):
                if DNA[x]=='A':
                    rna+='U'
                    continue
                if DNA[x]=='T':
                    rna+='A'
                    continue
                if DNA[x]=='C':
                    rna+='G'
                    continue
                if DNA[x]=='G':
                    rna+='C'
                    continue
                rna+=DNA[x]

            DNA=rna
            tam=str(len(DNA))
            print ("RNAm = ",DNA)
            pesq=str(PESQ)
            org=str(ORG)
            file=open("%s.txt" % PESQ,"a+")
            file.write('Pesquisador:'+PESQ+'\n')
            file.write('Organismo:'+ORG+'\n')
            file.write('DNA:'+dna+'\n')
            file.write('RNA:'+DNA+'\n')
            file.close()
            print('Seu arquivo foi gerado e salvo com sucesso!')
#####################################################
    elif choice == 2:
        filename=input("Nome do arquivo:")
        with open("%s.txt" % filename) as f:
                texto=f.read()
                f.readlines(6)
        print (texto)
    elif choice == 3:
        nome = input("Nome do arquivo:")
        open('%s.txt' % nome, 'w').close()
    elif choice == 4:
        nome = input("Nome do arquivo:")
        os.remove("%s.txt" % nome)
    elif choice == 5:
        print("x"*50)
        print ("""O Projeto POLIMERASE foi desenvolvido pelos alunos:
        Gabriella Maria Damasceno Shimada
        Luisa Rodrigues Benfatti
        Luiza Cristina Macedo Silva
        Marcos Paulo de Oliveira""")
        print("x"*50)
    else:
        print("Opção errada, escolha novamente.")
    choice = input('Escolha uma opção: ')
    choice = int(choice)

</syntaxhighlight><br>

= Escopo =
* Objetivo da aplicação
<br>

* O programa intitulado “Polimerase” tem por objetivo auxiliar profissionais da área biológica e médica através da obtenção de ácidos ribonucleicos transportadores (RNAt) e mensageiros  (RNAm) das respectivas sequências de DNA inseridas pelo usuário. Logo, ele resultará em uma minimização de tempo bem como em um resultado mais preciso.  
<br>

= Entradas =
* O que o sistemas receberá de dados? 
** Ex: quais dados serão digitados via teclado
<br>

* Por intermédio de um teclado serão inseridos os arquivos de entrada, como supracitado acima, com sequências genéticas de DNA que contém por obrigatoriedade as letras: “A”, “C”, “G” e “T”. <br>

= Saídas =
* O que será gerado de resultado impresso?  
** Ex: quais dados serão publicados na tela ou no papel
<br>

* Esses arquivos serão processados para gerar as saídas, as quais irão conter sequências de RNAs, tanto transportador quanto mensageiro, e que possuem obrigatoriamente os nucleotídeos: “A”, “C”, “G” e “U”;
* A saída será impressa no monitor instantaneamente, após a entrada e o processamento dos dados.
<br>

= Armazenamento =
* O que será gravado em arquivo
<br>

*  Por fim, os resultados ficarão gravados e armazenados em arquivos denominados RNAsequência.txt. 
<bt>

= Cálculos =
* O que será processado?
<br>

Será processado com base na teoria da complementaridade entre as bases nitrogenadas puricas e pirimidicas, que são de cinco tipos: adenina (A), guanina (G), timina (T), citosina (C) e uracila (U). O código possui poucos elementos, mas é necessário que haja conexão química entre as bases que constituem ambos os filamentos, sendo que a adenina se liga apenas à uracila, timina se liga à adenina, citosina se liga à guanina e a guanina se liga à citosina. Lembrando que essa regra é válida apenas para a conversão de DNA em RNA.
<BR>

= Fase II =
<br>

* Arquivo Relacionado:
* <nowiki>http://www.nature.com/scitable/topicpage/discovery-of-dna-structure-and-function-watson-397</nowiki>
* <nowiki>http://study.com/academy/lesson/complementary-base-pairing-definition-lesson-quiz.html</nowiki>
* Descreva o que vocês fariam numa evolução deste código:
* Uma possível evolução seria a identificação dos códons de inicio ("AUG") e de parada ("TGA", "TAA", "TAG"). Também seria interessante a codificação do RNA mensageiro para a sequencia de aminoácidos da proteína correspondente, além de ser necessário uma atualização do programa para expandir sua capacidade de armazenamento e leitura dos dados em txt, que podem conter milhares de bases nitrogenadas.
<br>

= Desenvolvedores =
<br>

* Luiza Cristina Macedo Silva
* Gabriella Maria Damasceno Shimada
* Luisa Rodrigues Benfatti 
* Marcos Paulo Oliveira