Bioinformática

5W2H

What

• 1. Qual o nome do seu projeto?
  • PhageAnaliser.
• 2. Qual o objetivo deste projeto?
  • Analisar sequência genética de fagos.
• 3. Quais os maiores desafios, na sua opinião, para se realizar este trabalho?
  • Processar a enorme quantidade de DNA de fagos em uma amostra. Para isso, precisaremos saber como representar a cadeia genética dos bacteriófagos.
• 4. Quais os conhecimentos básicos que devemos ter para se implementar este projeto?
  • Genética Molecular, bioquímica e ferramentas de bioinformática.
• 5. Quais soluções similares existem no mercado?
  • Não existe solução similar no mercado.

Why

• 1. Porque é interessante desenvolver este projeto?
  • Porque não existe software que auxilie na análise de sequências genéticas de fagos, o que ajudaria muito o trabalho de pesquisadores e laboratórios.
• 2. Porque deve usar a tecnologia escolhida?
  • Usaremos linguagem Java para desenvolvimento do aplicativo web. Além disso, utilizaremos o frameworks Spring MVC, MySql, Flyaway, JPA Hibernate e Spring Security. A linguagem Java foi a escolhida por possuir bastante material para suporte gratuito na internet.
• 3. Porque usar o hardware específico?
  • Usaremos o notebook que ja possuimos para que não aumento os gastos. Processador Intel core i7 e memória RAM de 8 GB.
• 4. Porque usar o sistema específico?
  • Usaremos sistema operacional Windows, porém, como a aplicação ficará hospedada em um servidor web, para acessá-la, bastará um navegador e acesso à internet.

Who

• 1. Quem pode se beneficiar deste projeto?
  • Pesquisadores que trabalham com a tecnologia de phage display.
• 2. Quem poderá operar o sistema?
  • O sistema é de fácil manuseio. Qualquer pesquisador com domínio dos conceitos de genética, bioquímica e bioinformática conseguira manusear o sistema.
• 3. Quem deverá participar do desenvolvimento do sistema?
  • 2 pessoas: Gustavo Augusto e Thales José.

Where

• 1. Onde os dados serão inseridos?
  • Os dados serão inseridos como entrada por meio de teclado.
• 2. Onde os dados serão externalizados, publicados?
  • Os dados não serão externalizados.
• 3. Onde esta aplicação poderá ser usada?
  • Poderá ser usada por qualquer navegador com acesso a internet para efetuar a análise de DNA de fagos selecionados.
• 4. Onde os dados serão armazenadas?
  • Os dados produzidos pelo nosso software será armazenado em um banco de dados.
• 5. Onde o software deverá ser hospedado?
  • O nosso software ficará hospedado em um servidor na nuvem.

When

• 1. Em quanto tempo pretende desenvolver o sistema?
  • Temos a meta de desenvolver um protótipo do sistema dentro de 45 dias e uma versão final do mesmo dentro de 3 meses, após o lançamento do protótipo.
• 2. Quais serão as fases e em quanto tempo cada uma?
  • As fases serão: Especificação e Análise de Requisitos, Desenvolvimento, Validação e Evolução. O software será construído de maneira incremental, sendo que não há um tempo fixo para cada fase e poderá ser realizado diversos ciclos das fases com adição de funcionalidades em cada ciclo concluído. Desta forma, os requisitos serão agrupados por funcionalidades em um ciclo de desenvolvimento.
• 3. Qual o tempo de resposta do dispositivo ou do sistema?
  • O sistema não terá respostas que demorem mais que 5 segundos para o usuário.
• 4. Quanto tempo para responder a uma entrada?
  • O sistema processará entradas em até 3 segundos, desde para inserir um fago até para realizar análise em amostras de DNAs, por exemplo.
• 5. Quanto tempo para gerar a saída?
  • 
    O sistema não terá respostas que demorem mais que 5 segundos para o usuário, independente da requisição do usuário, desde a visualização de relatórios de análises de DNA até uma simples busca por um objeto 'Fago'.

How

• 1. Como será dividido o desenvolvimento do sistema?
  • As etapas de Especificar e Analisar Requisitos serão feitas em conjunto pela equipe. Após definido os requisitos, as funcionalidades a serem implementadas serão divididas pela equipe para avançar para a etapa de Desenvolvimento. Então, serão feitas reuniões para realizar as etapas de Validação e Evolução. Esse ciclo pode ser repetido diversas vezes.
• 2. Como será feita a entrada de dados?
  • A entrada de dados ocorrerá por meio de teclado e mouse.
• 3. Como será feita a saída de dados?
  • A saída dos dados será realizada em um monitor ou impressora (se for necessária impressão de relatórios).
• 4. Descreva a 1ª funcionalidade?
  • CRUD bacteriófago: recebe os dados de um bacteriófago (nome, sequência genética e tipo do ácido nucleico) e insere no banco de dados ou altera/deleta a tupla desejada.
• 5. Descreva a 2ª funcionalidade?
  • CRUD usuário: o gerente será capaz de cadastrar, ler, alterar e deletar usuários para o sistema.
• 6. Descreva a 3ª funcionalidade?
  • Realizar Análise: pesquisador escolhe os bacteriófagos a serem analisados. Em seguida, o programa retorna a sequência genética que mais ocorre e o nucleotídeo que mais aparece nas sequências genéticas escolhidas. Além disso, é importante armazenar a sequência do ácido nucleico de cada bacteriófago no momento que a análise ocorreu, pois o código genético desse mesmo fago poderá ser alterado posteriormente a realização da análise.
• 7. Descreva a 4ª funcionalidade?
  • Gerar Relatórios sobre Análises: usuário receberá em seu dashboard gráficos contendo dados sobre as análises realizadas pelo pesquisador.
• 8. Descreva a 5ª funcionalidade?
  • Gerar Relatórios sobre Pesquisador: gerente conseguirá visualizar gráficos sobre os pesquisadores (por exemplo, quantas análises cada pesquisador realizou no último mês).

How much

• 1. Quanto custa cada parte do sistema?
  • Análise e Protótipo: R$1800.    
  • Sistema completo: R$2200.
• 2. Quanto deverá custar todo o sistema?
  • Todo o processo de desenvolvimento desse software deve ser em torno de R$4000.
• 3. Quantas pessoas deverão ser usadas (Equipe) ?
  • A equipe será composta de 2 pessoas.
• 4. Quanto custa cada profissional?
  • Cada profissional custará R$1100 mensais aproximadamente.
• 5. Qual deverá ser o preço de aquisição do seu software para o usuário final (Valor de mercado)?
  • O preço final está estimado para ser em torno de R$, sujeito a alterações.

Modelo Estruturado

DFD

• 
  DFD-PhageAnaliser-Grupo05

DER

• 
  DER-PhageAnaliser

DD

• Descritivos de cada item
  • Significado
  • Conteúdo (Dados compostos)
  • Restrições de integridade
  • Chave primária (Depósitos de Dados)

Requisitos não-funcionais

• Ambiente de Desenvolvimento:

1. CMS: são softwares livres onde se é possível editar e criar sites com facilidade, sem precisar de um software específico para editar as páginas. Seus principais benefícios são : variações de funcionalidades no site, flexibilidade no desenvolvimento de projetos em diferentes portes, baixo custo de atualização e manutenção.

• Infraestrutura de TI:

• Comunicação:

1. Virtualização: não se encaixa.

• Soluções comerciais:

• Tecnologias inovadoras:

1. RA - pois é um dos ramos que mais tendem a crescer, com a expansão das telas para o ambiente real e a interação de imagens com sujeitos reais. No caso do BioInformática será interessante para o estudo detalhado das estruturas das proteínas.

• Metodologias:

Protótipo

• Objetivo
• Recursos utilizados
• Funcionamento
• Detalhamento (Imagens, vídeos, ...)
• Resultados obtidos