Código

<syntaxhighlight lang="python3"> from datetime import datetime import os now = datetime.now() print("-"*80) print("\t\t\t\tProjeto POLIMERASE\t\t\t\t\t\t\t") print("Data:",now.day,"/",now.month,"/",now.year,"\t\t\t\t\t","Hora:",now.hour,":",now.minute) print("-"*80) print (50 * '-') print (" M E N U - P R I N C I P A L ") print (50 * '-') print ("1. Inserir código genético manualmente") print ("2. Análise de DNA em arquivo") print ("3. Limpar um arquivo") print ("4. Deletar um arquivo") print ("5. Créditos") print ("0. Encerrar o Programa") print (50* '-') choice = input('Escolha uma opção: ') choice = int(choice) while choice != 0:

   if choice == 1:
       PESQ=input("Pesquisador:")
       ORG=input("Organismo:")
       GEN=input("Gene:")
       DNA= input("Código genético:")
       dna=DNA
       rna=""
       checker = True
       for x in range(len(dna)):
           if DNA[x] != 'A' and DNA [x] != 'T' and DNA[x] != 'C' and DNA[x] != 'G':
               print("Código genético inválido!")
               checker = False
       if checker == True:
           for x in range(len(dna)):
               if DNA[x]=='A':
                   rna+='U'
                   continue
               if DNA[x]=='T':
                   rna+='A'
                   continue
               if DNA[x]=='C':
                   rna+='G'
                   continue
               if DNA[x]=='G':
                   rna+='C'
                   continue
               rna+=DNA[x]

           DNA=rna
           tam=str(len(DNA))
           print ("RNAm = ",DNA)
           pesq=str(PESQ)
           org=str(ORG)
           file=open("%s.txt" % PESQ,"a+")
           file.write('Pesquisador:'+PESQ+'\n')
           file.write('Organismo:'+ORG+'\n')
           file.write('DNA:'+dna+'\n')
           file.write('RNA:'+DNA+'\n')
           file.close()
           print('Seu arquivo foi gerado e salvo com sucesso!')

   elif choice == 2:
       filename=input("Nome do arquivo:")
       with open("%s.txt" % filename) as f:
               texto=f.read()
               f.readlines(6)
       print (texto)
   elif choice == 3:
       nome = input("Nome do arquivo:")
       open('%s.txt' % nome, 'w').close()
   elif choice == 4:
       nome = input("Nome do arquivo:")
       os.remove("%s.txt" % nome)
   elif choice == 5:
       print("x"*50)
       print ("""O Projeto POLIMERASE foi desenvolvido pelos alunos:
       Gabriella Maria Damasceno Shimada
       Luisa Rodrigues Benfatti
       Luiza Cristina Macedo Silva
       Marcos Paulo de Oliveira""")
       print("x"*50)
   else:
       print("Opção errada, escolha novamente.")
   choice = input('Escolha uma opção: ')
   choice = int(choice)

</syntaxhighlight>

Escopo

Objetivo da aplicação

O programa intitulado “Polimerase” tem por objetivo auxiliar profissionais da área biológica e médica através da obtenção de ácidos ribonucleicos transportadores (RNAt) e mensageiros (RNAm) das respectivas sequências de DNA inseridas pelo usuário. Logo, ele resultará em uma minimização de tempo bem como em um resultado mais preciso.

Entradas

O que o sistemas receberá de dados?
- Ex: quais dados serão digitados via teclado

Por intermédio de um teclado serão inseridos os arquivos de entrada, como supracitado acima, com sequências genéticas de DNA que contém por obrigatoriedade as letras: “A”, “C”, “G” e “T”.

Saídas

O que será gerado de resultado impresso?
- Ex: quais dados serão publicados na tela ou no papel

Esses arquivos serão processados para gerar as saídas, as quais irão conter sequências de RNAs, tanto transportador quanto mensageiro, e que possuem obrigatoriamente os nucleotídeos: “A”, “C”, “G” e “U”;
A saída será impressa no monitor instantaneamente, após a entrada e o processamento dos dados.

Armazenamento

O que será gravado em arquivo

Por fim, os resultados ficarão gravados e armazenados em arquivos denominados RNAsequência.txt.

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Cálculos

O que será processado?

Será processado com base na teoria da complementaridade entre as bases nitrogenadas puricas e pirimidicas, que são de cinco tipos: adenina (A), guanina (G), timina (T), citosina (C) e uracila (U). O código possui poucos elementos, mas é necessário que haja conexão química entre as bases que constituem ambos os filamentos, sendo que a adenina se liga apenas à uracila, timina se liga à adenina, citosina se liga à guanina e a guanina se liga à citosina. Lembrando que essa regra é válida apenas para a conversão de DNA em RNA.

Fase II

Arquivo Relacionado:
http://www.nature.com/scitable/topicpage/discovery-of-dna-structure-and-function-watson-397
http://study.com/academy/lesson/complementary-base-pairing-definition-lesson-quiz.html
Descreva o que vocês fariam numa evolução deste código:
Uma possível evolução seria a identificação dos códons de inicio ("AUG") e de parada ("TGA", "TAA", "TAG"). Também seria interessante a codificação do RNA mensageiro para a sequencia de aminoácidos da proteína correspondente, além de ser necessário uma atualização do programa para expandir sua capacidade de armazenamento e leitura dos dados em txt, que podem conter milhares de bases nitrogenadas.

Desenvolvedores

Luiza Cristina Macedo Silva
Gabriella Maria Damasceno Shimada
Luisa Rodrigues Benfatti
Marcos Paulo Oliveira

Polimerase