Conceito

Primeiramente, é necessário definir a Biotecnologia para que, depois, seja apresentada a forma pela qual a Programação Computacional contribui para esse campo de conhecimento. Sendo assim, define-se biotecnologia como uma atividade fundamentada em princípios multidisciplinares, cujo objetivo é obter produtos úteis ou resolver problemas com o uso de agentes biológicos. Tais agentes biológicos podem abranger qualquer organismo vivo ou mesmo partes dele.

Tendo em vista esse conceito, apresenta-se a programação para biotecnologia como ferramenta para análise e processamento de dados biológicos, visando a utilização dos resultados como base para o desenvolvimento da área. Por meio da programação, é possível criar programas, algoritmos e modelos matemáticos que auxiliem profissionais a extrair conhecimento útil dos dados adquiridos, que podem ser muitos, principalmente quando o foco é a biologia.

A programação para biotecnologia é capaz de criar programas e ferramentas para diversas finalidades. Pode-se citar, por exemplo, programas capazes de transcrever sequências de DNA (figura 1), de padronizar e automatizar protocolos de experimentos biológicos (figura 2), de criar imagens estruturais de genes (figura 3) e outras possibilidades.

Figura 1 - Programa do módulo BioPerl capaz de transcrever sequências de DNA

Figura 2 - Visão geral do programa Biocoder

Figura 3 - Exemplo de saída do módulo de BioPerl chamado FeatureStack

Softwares

Descrever os softwares usados para esta finalidade. Detalhar, se existir, linguagens, banco de dados e frameworks.

Código

!/usr/bin/perl -w
Procurar sequência de nucleotídeos em bloco de dados de sequências

my $alvo = "TAGCTG"; my $sequência_pesquisa =

     'ACCTGACCCTGACCAGTTGACCCAATGTCAACTTCGGCTACAGGATTGACCCTGACCAAT'.
     'CATCCTAAAGTGACTAGTCAGTAATTGGCATAGTCAGTACCCATGACTGATGGAGTAAAC'.
     'ATGACCTGGATTAGCTGATATTTGCATGATCTAGCTAGACTGATCAGTACCCTAGATCCA'.

my @correspondências;

Tentar encontrar uma correspondência nas letras 1-6 de $sequência_pesquisa e, em seguia, olhas as letras 2-7, # e assim por diante. Registrar o deslocamento inicial de cada correspondência.

foreach my $i (0..length $sequência_pesquisa) {

    if ($alvo eq substr(  $sequência_pesquisa, $i, length $alvo)){
            push @correspondências, $i;
        }

}

Transformar @correspondências em uma lista separada por vírgulas para impressão print "Minhas correspondências ocorreram nos seguintes deslocamentos:

@correspondências. \n";

print "pronto\n";

</syntaxhighlight> Por meio de demonstração de variáveis ($alvo, $sequência_pesquisa, @correspondências e $i) e loops, este programa é capaz de procurar uma sequência-alvo "TAGCTG" em uma sequência de dados e registrar a localização do início de cada correspondência.

Diagrama de Casos de Uso

Desenhar ou plotar  os requisitos funcionais de uma aplicação.

Interações com as tecnologias

Incluir links (internos ou externos) temas que tem relação com este, explicando detalhes sobre. Limite de 3 internos e 2 externos.

Informações adicionais

Descrever detalhes a mais sobre esse tema.

Referências bibliográficas

Relacionar aqui as referências bibliográficas no padrão ABNT. 
Bases de procura: Artigos, publicações acadêmicas, revistas e sites de fornecedores

Programação de listas

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